中心共设有20个科室:办公室、宣传科、财务科、政工科、信息科、预防医学门诊部、职业卫生科、血吸虫病防治所、性病艾滋病预防控制科、麻风病防治科、慢性非传染性疾病预防控制科、规划免疫科、传染性疾病预防控制科、卫生监测检验科、质量管理办公室、病媒生物防制科、健康教育所、公共卫生应急办公室、学校卫生与食品卫生科、生物制品和物资管理科